El neerlandés firmó el tiempo más rápido en la sesión inaugural, seguido por su compañero en Red Bull, el mexicano Sergio Pérez.
Después de abandonar en la última carrera en Australia, el tres veces campeón del mundo sacó casi dos décimas al segundo en el circuito de Suzuka.
En tercer lugar quedó el español Carlos Sainz (Ferrari), ganador del último Gran Premio tras recuperarse in extremis de una operación de apendicitis.
Lo siguieron los dos Mercedes, de los británicos George Russell y Lewis Hamilton, y el monegasco Charles Leclerc.
Fernando Alonso, por su parte, obtuvo la séptima mejor marca con su Aston Martin.
El entrenamiento se celebró en condiciones de seco y estuvo diez minutos suspendido por un accidente del estadounidense Logan Sargeant, que estrelló su Williams en un muro de neumáticos.