Verstappen, triple campeón del mundo, se retiró de una carrera por primera vez en dos años después de que un problema de frenos en Melbourne provocara que saliera humo de su Red Bull.
Carlos Sainz tomó la bandera a cuadros y su compañero de equipo Charles Leclerc le siguió para conseguir un doblete para Ferrari hace quince días.
Verstappen había empezado la temporada de forma típicamente dominante, ganando con rotundidad en Bahréin y Arabia Saudí mientras Ferrari se esforzaba por detrás.
Las tornas cambiaron en Australia, pero el holandés ha ganado en Japón los dos últimos años y Suzuka es uno de sus circuitos favoritos.
Las amplias curvas y los dramáticos cambios de elevación permiten a Verstappen aprovechar al máximo la velocidad superior de su Red Bull, aunque se pronostica lluvia para la carrera del domingo.
"Sabíamos que un día como este podría llegar en algún momento", dijo Verstappen sobre su prematuro abandono en Melbourne.
"Así que tenemos que estar orgullosos de haber tenido una gran racha con nueve carreras (victorias) seguidas y podemos volver más fuertes para Suzuka".
Los problemas de Verstappen en Australia agravaron un turbulento comienzo de temporada para Red Bull, cuyas victorias en Grandes Premios se vieron ensombrecidas por la desunión del equipo y las acusaciones contra el jefe Christian Horner.
Verstappen, que dijo en Australia que tiene la intención de cumplir su contrato con el equipo, espera encontrar la calma en Suzuka.
Verstappen ha hablado con frecuencia de su amor por el circuito de la "vieja escuela", donde conquistó su segundo título mundial en 2022 y ayudó a Red Bull a sellar la corona de constructores el año pasado.
El año pasado, Verstappen aventajó en casi 20 segundos al segundo clasificado, Lando Norris.
La carrera de este año se ha adelantado en el calendario respecto a su lugar tradicional al final de la temporada.
Ferrari resurge
El vigente campeón del mundo podría enfrentarse a un reto más duro en esta ocasión si nos guiamos por la victoria de Sainz en Melbourne.
El español, que será sustituido en Ferrari por Lewis Hamilton la próxima temporada, regresó tras una operación de apendicitis que le hizo perderse la anterior carrera en Arabia Saudí.
Terminó 2,3 segundos por delante de su compañero de equipo Leclerc, que ahora está detrás de Verstappen por solo cuatro puntos en la clasificación de pilotos después de tres carreras.
"El equipo se merece este uno-dos, hicimos un trabajo fantástico todo el fin de semana", dijo Sainz, que es cuarto en la general, a 11 puntos de Verstappen.
"Ejecutamos una carrera perfecta, clavamos la estrategia y los mecánicos estuvieron increíbles, realizando paradas en boxes precisas y rápidas en todo momento".
Sainz y Leclerc terminaron por delante de Norris, cuyo compañero de equipo en McLaren , Oscar Piastri, fue cuarto.
En Japón, McLaren intentará mejorar su actuación, sobre todo teniendo en cuenta que la otrora poderosa escudería Mercedes parece una sombra de lo que fue a principios de temporada.
Un fallo en el motor obligó a Hamilton a abandonar en Melbourne, mientras que George Russell se libró de un fuerte accidente en la penúltima vuelta y el equipo británico no pudo terminar en los puntos por primera vez en 62 carreras.
Un Hamilton abatido dijo que era uno de sus peores comienzos de temporada, con pocas perspectivas de días mejores en un futuro próximo.
"Es duro que no seamos tan competitivos como nos gustaría en este momento, pero seguiremos trabajando duro", dijo el siete veces campeón del mundo.
"A corto plazo espero que todavía nos resulte difícil desafiar más arriba, pero veremos qué podemos hacer a medio plazo".