El centrocampista Granit Xhaka marcó el único gol de la victoria por 1-0 sobre el Kaiserslautern, en un partido en el que el Leverkusen se quedó con diez jugadores durante más de la mitad del encuentro.
La primera temporada completa de Alonso al frente del Leverkusen se saldó con un doblete en la Bundesliga y la Copa de Alemania, una final de la Europa League y el asombroso registro de una sola derrota en 53 partidos.
La única derrota del Leverkusen se produjo el miércoles en la final de la Europa League contra el Atalanta, de la Serie A, pero los pupilos de Alonso se rehicieron de forma tenaz.
"Necesito un poco más de tiempo para asimilarlo. Ha sido una temporada de ensueño. Poder celebrarlo aquí es increíble, tenemos que disfrutarlo", declaró Alonso a la cadena alemana ARD.
El entrenador, que rechazó el interés del Liverpool, el Bayern de Múnich y el Real Madrid por quedarse en el Leverkusen esta temporada, fue recibido con cánticos de "Xabi Alonso" por los delirantes aficionados, cuyo club sólo había ganado dos trofeos antes de esta temporada.
"Por supuesto que estoy contento, pero estoy especialmente orgulloso de los jugadores. El doblete es totalmente merecido".
La victoria puso a prueba a Alonso como pocas veces lo ha hecho esta temporada, ya que el Leverkusen se quedó con 10 hombres al final de la primera parte tras la segunda amarilla del central Odilon Kossounou.
El técnico de 42 años, que fue fotografiado con la cabeza entre las manos en el banquillo, retiró al delantero Patrik Schick y al extremo Jonas Hofmann, mientras su equipo se replegaba más y atacaba a la contra.
A pesar de la ventaja de un hombre, el Kaiserslautern se vio frenado por el campeón alemán, y apenas dispuso de ocasiones claras en la segunda parte.
"Analizamos rápidamente a quién podemos cambiar", afirmó el técnico.
"Jugamos bien y creamos algunas buenas ocasiones, pero lo más importante fue la fe del equipo.
"Estaban preparados para luchar con 10 hombres y conseguirlo".
El Leverkusen se une al Bayern, Dortmund, Bremen, Colonia y Schalke como clubes que han ganado el doblete alemán.
Alonso, dos veces ganador de la Liga de Campeones como jugador, volverá a la máxima competición europea con el Leverkusen la próxima temporada, en la que la final se disputará en el Allianz Arena de Múnich.
"No estoy pensando en la próxima temporada", dijo entre risas el entrenador.
"Vacaciones, vacaciones. Quizá dentro de una semana, pero vamos a disfrutar y celebrar esto".
El Leverkusen tiene previsto un desfile del trofeo por la ciudad para el domingo.