La victoriadel Leverkusen puso en aprietos al Bayern en el último partido del sábado, pero los campeones alemanes perdieron en casa con los goles del Dortmund en cada tiempo, obra del muniqués Karim Adeyemi y del defensa Julian Ryerson.
Harry Kane tuvo el balón en la red en los últimos compases para dar esperanzas de remontada al Bayern, pero el gol del capitán inglés fue anulado por fuera de juego.
El entrenador del Bayern, Thomas Tuchel, felicitó al Leverkusen.
A la pregunta de si la carrera por el título había terminado, Tuchel respondió "por supuesto", diciendo que "es evidente, claro".
El defensa del Bayern Joshua Kimmich se mostró lívido y criticó públicamente a su equipo.
"Me pregunto cómo podemos tener una actuación así en un partido como éste. Es totalmente incomprensible".
"En la segunda parte tuvimos la sensación de que no nos jugábamos nada, fue como un amistoso.
"Tenemos que volver a casa y cuestionarnos a nosotros mismos".
La primera victoria liguera del Dortmund en Múnich en 3.641 días, que se remontan a 2014, cuando Jürgen Klopp estaba en el banquillo, le permitió aventajar en tres puntos al RB Leipzig y volver a la cuarta plaza, con la batalla por la Liga de Campeones intensificándose.
La victoria en Múnich "tardó demasiado", dijo el entrenador del Dortmund, Edin Terzic.
"Tuvimos un poco de suerte, pero trabajamos duro para conseguirlo", declaró Terzic a Sky.
El sábado, Maximilian Baier adelantó al Hoffenheim en Leverkusen (1-0).
Sin embargo, un día después de que Xabi Alonso se comprometiera a seguir un año más al frente del equipo, el Hoffenheim vio peligrar su imbatibilidad.
Robert Andrich empató en el minuto 88, antes de que una volea de Patrik Schick en el tiempo añadido sellara otra notable remontada.
El triunfo tardío del Leverkusen prolongó su récord de victorias en los instantes finales de la temporada.
El equipo de Alonso ha marcado en los últimos minutos para derrotar al Augsburgo, al Leipzig, al Stuttgart en la Copa de Alemania y al Qarabag en dos ocasiones en la Europa League.
"Siempre fui optimista", declaró Alonso a la prensa. "Dijimos en el descanso que un gol es importante. Todo puede cambiar en un momento.
"Tenemos mentalidad de ganadores, nos la hemos forjado esta temporada".
Alonso "no se va a ninguna parte
"Seguimos luchando y creyendo hasta el final", declaró Andrich, goleador del Leverkusen, a Sky.
"No tenía ninguna duda de que hoy marcaríamos al menos un gol. Sabía que al final uno de nuestros tiros tenía que entrar".
El centrocampista, que estuvo junto a su entrenador mientras el equipo lo celebraba ante la afición local tras el partido, dijo que Alonso dijo a los jugadores el viernes que se quedaría más allá de la temporada.
"Dijo que no se iba a ir a ningún sitio, que se quedaría aquí.
"El momento que eligió fue muy bueno. Ahora podemos seguir empujando y ojalá logremos algo grande esta temporada".
La victoria del Dortmund supuso un duro golpe para las aspiraciones del RB Leipzig de hacerse con un puesto en la Liga de Campeones, después de que el campeón de la Copa alemana empatara a cero en casa contra el modesto Maguncia pese a dominar la posesión y el territorio.
El VAR anuló un penalti por mano en el minuto 8 y anuló un gol de Lois Openda por fuera de juego.
"No puedo oír ni una palabra más sobre los goles esperados, simplemente no aprovechamos nuestras oportunidades", se lamentó David Raum, del Leipzig.
El RB Leipzig y el Dortmund, habituales de la Liga de Campeones durante la última década, se enfrentarán en liga a finales de abril en el Red Bull Arena.
El nuevo entrenador del Wolfsburgo, Ralph Hasenhuettl, antiguo técnico del Southampton, se adjudicó la victoria en su primer partido al frente del equipo, en el campo del Werder Bremen(2-0).
El Bremen se quedó con 10 hombres justo antes del descanso, tras una falta en el último suspiro de Anthony Jung. Maxence Lacroix adelantó a los Lobos poco después.
Lacroix fue expulsado en la segunda parte, pero Lovro Majer, del Wolfsburgo, marcó para sellar la victoria.
El Friburgo dio un paso más hacia la clasificación europea en la última temporada de Christian Streich en el club, con una victoria por 3-0 en el campo del Borussia Moenchengladbach.
Michael Gregoritsch, Merlin Roehl y Ritsu Doan fueron los autores de los goles.
El Union Berlin no pasó del 0-0 en su visita al Eintracht de Fráncfort y sumó un valioso punto que le permite alejarse nueve puntos de los puestos de descenso.