Ambos jugadores se lesionaron con la selección inglesa.
Walker fue sustituido en la derrota por 1-0 ante Brasil por un problema en los isquiotibiales, mientras que Stones salió cojeando en el empate 2-2 del martes ante Bélgica por un problema en los aductores.
El City, defensor del título, es tercero de la Premier League, pero a un solo punto del líder , el Arsenal, que sólo aventaja al Liverpool por diferencia de goles.
La ausencia del dúo defensivo clave es también una preocupación para el City de cara al partido de ida de cuartos de final de la Liga de Campeones contra el Real Madrid el 9 de abril.
"La lesión de Kyle es más dura que la de John, pero estarán fuera, no sé por cuántos partidos", dijo Guardiola en su rueda de prensa previa al partido del viernes.
Sin embargo, Guardiola recibió más noticias positivas, ya que Ederson, Manuel Akanji, Jack Grealish y Kevin De Br uyne parecen listos para regresar de sus lesiones.
De Bruyne, que no jugó contra el Newcastle en cuartos de final de la Copa de Inglaterra (2-0) antes del parón internacional, ha sufrido una temporada plagada de lesiones tras perderse los cinco primeros meses de la campaña por un desgarro en los isquiotibiales.
Sin embargo, el jugador de 32 años ha dado 12 asistencias y ha marcado dos goles en 12 partidos con el City esta temporada cuando ha estado en forma.
"Kevin es muy importante", añadió Guardiola. "Ha sido una temporada dura para él por las lesiones.
"Ha estado fuera mucho tiempo, pero ayer entrenó muy bien. Veremos qué hace en los próximos días".
De Bruyne marcó dos goles en la victoria por 4-1 del City sobre el Arsenal en el Etihad la temporada pasada, que supuso un duro golpe para las aspiraciones de los Gunners al título.
Los hombres de Mikel Arteta parecen más maduros y completos esta temporada, pero el domingo se enfrentan a la prueba de fuego de si están preparados para destronar al City como campeón de Inglaterra.
El City lleva 38 partidos sin perder en casa en todas las competiciones, desde noviembre de 2022.
Los hombres de Guardiola también siguen en camino de repetir el triplete de la temporada pasada.
El ganador de la eliminatoria de Liga de Campeones contra el Madrid se enfrentará al Arsenal o al Bayern de Múnich en semifinales.
El City también se enfrentará al Chelsea en las semifinales de la Copa de Inglaterra el mes que viene.
"Esta temporada ha sido muy buena", dijo Guardiola.
"Para estar ahora en liza por los tres títulos importantes, hemos hecho un trabajo increíble.
"Ahora son los últimos 10 partidos de la Premier League, empezamos un momento importante. Jugamos contra los líderes de la Premier League y estoy seguro de que la gente (la afición del City) nos dará lo que necesitamos para rendir al máximo."