El equipo de Pochettino se vio superado por un tempranero gol en propia puerta de Marc Cucurella y un tanto de Morgan Rogers antes del descanso en Villa Park.
En lugar de rendirse como en la humillante derrota por 5-0 sufrida el martes ante el Arsenal, los Blues se esforzaron al máximo para rescatar un valioso punto gracias a los goles de Noni Madueke y Conor Gallagher.
Pero el Chelsea pensó que había ganado en el tiempo añadido, cuando el portero del Villa, Robin Olsen, desvió a su propia portería un disparo de Axel Disasi. Sin embargo, para furia de Pochettino, el gol fue anulado por falta de Benoit Badiashile.
"El árbitro es increíble y es ridículo. Es difícil de aceptar", dijo Pochettino.
"No vieron una falta en el campo y luego el VAR cambió la decisión del árbitro. Para mí fue un desafío normal".
"Es doloroso porque ha perjudicado al fútbol inglés. Los jugadores del Villa y sus aficionados no entendieron por qué se anuló el gol.
"Para mí ha dañado un poco a la Premier League. Si queremos ser la mejor liga del mundo hay que proteger el espectáculo y la decisión".
El empate fue un duro golpe para las esperanzas del Villa de mantener a raya al Tottenham en la carrera por clasificarse para la Liga de Campeones quedando entre los cuatro primeros.
El Villa aventaja en siete puntos al quinto clasificado, el Tottenham, que el domingo recibe al líder de la Premier League, el Arsenal, en el primero de los tres partidos que tiene por delante el equipo de Unai Emery.
Aunque el Villa, que terminó cuarto por última vez en 1995-96, sigue siendo favorito para hacerse con la lucrativa plaza de Liga de Campeones, podría sentirse un poco nervioso si el Tottenham gana el derbi del norte de Londres.
"Queríamos jugar la Europa League el año pasado y ahora tenemos un nuevo reto, que es jugar la Liga de Campeones", dijo Emery.
"Hoy el Chelsea ha demostrado su poderío. Pero empatar al final es un resultado muy bueno. Quiero más, por supuesto".
Al parecer, el cuestionado Pochettino conserva el respaldo de la novena plantilla del Chelsea -que se ha reunido por más de 1.000 millones de libras- a pesar de una campaña difícil que incluyó una derrota en semifinales de la Copa de Inglaterra ante el Manchester City el pasado fin de semana.
Así lo demostraron al negarse a rendirse ante un Villa que se les echó encima en un vibrante arranque.