Charles Leclerc (25), que lideró un doblete de Ferrari desde la pole en Sakhir el año pasado, perdió potencia y se retiró a 17 vueltas del final, mientras que Carlos Sainz (28) terminó cuarto.
Ferrari ya había cambiado el acumulador de energía del coche de Leclerc antes de la carrera, un golpe con los pilotos que sólo tienen dos para la temporada de 23 carreras sin penalización en parrilla.
Hasta entonces, ambos pilotos habían estado más centrados en si su coche podría igualar la velocidad de los Red Bull, que sufrieron un doble abandono el año pasado pero que esta vez lograron un doblete con Max Verstappen (25) y Sergio Pérez (33).
"En general, diría que la situación no es la que esperábamos antes de la carrera", declaró Vasseur a los periodistas.
"Es la primera vez que lo tenemos (el problema) y no nos enfrentamos al mismo en los 6.000-7.000 km que hicimos con los motores en la última semana con los tres equipos".
"Nunca tuvimos el mismo problema en el banco de potencia durante todo el invierno", añadió.
"Lo más importante ahora es tener una imagen clara de la situación, dónde estamos fallando y hacer un análisis adecuado sobre esto y volver más fuertes lo antes posible".
El francés consideró que Ferrari estuvo a la altura de Red Bull en clasificación, pero que necesitaba solucionar la fiabilidad y la degradación de los neumáticos en carrera.
Ambos pilotos de Ferrari sufrieron un gran desgaste de neumáticos y mientras Leclerc era tercero antes del fallo, Sainz terminó 48 segundos por detrás de Verstappen.
Red Bull dominó con una estrategia de neumáticos blandos/blandos/duros, mientras que Ferrari tuvo que optar por blandos/duros/duros.
"El hecho de que sean capaces de hacer dos stints con blandos y uno con duros, cuando nosotros tenemos que hacer dos con duros y uno con blandos, es una barbaridad", dijo Vasseur.
"Tenemos que mejorar en este aspecto, pero diría que el primer problema para mí es la fiabilidad, porque necesitamos tener cero problemas".
Vasseur se mostró confiado en que Ferrari va por el buen camino y puede ser rival para Red Bull, aunque sus rivales Mercedes ya se están replanteando el diseño de su monoplaza dada la diferencia a la que se enfrentan.
"Nunca vi un coche capaz de igualar el ritmo de otro en la quali y no poder hacerlo en la carrera", dijo Vasseur. "Entonces es una cuestión de puesta a punto y de algunas opciones en el coche. No es una cuestión de concepto en absoluto".
El año pasado, Ferrari ganó dos de las tres primeras carreras antes de desvanecerse debido a la escasa fiabilidad, los errores de estrategia y los fallos de los pilotos.
Vasseur llegó procedente de la escudería suiza Sauber en enero para sustituir a Mattia Binotto y ha realizado algunos cambios inmediatos, incluida una reorganización de la estrategia.
El equipo sacrificó una posible pole el sábado para dar a Leclerc un juego de neumáticos blandos nuevos para la carrera y las paradas en boxes del domingo transcurrieron sin problemas.