El pívot camerunés, que solo anotó 14 puntos pero colocó un tapón decisivo, se salvó de ser expulsado después de dar una patada desde el suelo al joven Nic Claxton.
James Harden (21 puntos), la otra figura de Sixers, sí fue enviado a los vestuarios en la segunda mitad por un golpe a Royce O'Neale y después le siguió Claxton por una burla a Embiid.
Con Harden fuera todo el último cuarto, los Nets desperdiciaron una oportunidad de oro de lograr su primera victoria ante los Sixers en sus siete enfrentamientos de esta temporada.
Los Sixers llegaron a tener una desventaja de cinco puntos (91-96) a falta de dos minutos y 15 segundos pero resurgieron de la mano del joven Tyrese Maxey (25 puntos) y están ahora a solo una victoria de finiquitar esta eliminatoria de la Conferencia Este de la NBA.
"Nos mantuvimos unidos a pesar de todo, en una noche en la que yo no lo hice bien", reconoció Embiid. "Tenemos un grupo con mucho talento. Estaré mucho mejor en el próximo partido".
Agresión de Embiid
La primera jugada controvertida del partido ocurrió con solo tres minutos de juego cuando Claxton atrapó una pelota en el aire para realizar una volcada sobre Embiid.
Tras caer ambos al suelo, Claxton se levantó y caminó por encima del camerunés, que reaccionó golpeando con su pierna izquierda a su rival en la entrepierna.
Claxton recibió una falta técnica por su provocación y Embiid una falta flagrante de tipo 1, lo que le permitió continuar en el partido.
La decisión de los árbitros contrastó con la expulsión el lunes de Draymond Green (Warriors) por pisar en el pecho a Domantas Sabonis después de que el lituano le agarrara una pierna.
Green recibió una suspensión adicional de un juego que la NBA justificó en parte por su largo historial de incidentes.
"Creo que nunca había visto esto en mi carrera (...) Que un tipo patee intencionadamente a alguien en una zona que ninguno de nosotros quiere que le pateen y que siga jugando", se quejó después el entrenador de Nets, Jacque Vaughn, sobre la acción de Embiid.
El camerunés, máximo anotador de la fase regular (33,1 puntos de media), siguió en pista completamente descentrado y, tras sufrir otra caída, se retiró brevemente al vestuario para recibir tratamiento en su espalda.
"Es lo que hay. Estas son las cosas que hacen los equipos ahora y cuando respondes te suspenden", dijo el técnico de Sixers, Doc Rivers, defendiendo a su estrella.
Los Sixers se fueron al descanso con una cómoda ventaja de 58-47 pero los Nets apretaron el acelerador comandados por su nueva figura, Mikal Bridges, que lideró un parcial de 14-0 con el que Brooklyn tomó el control del marcador.
Los locales celebraron además la expulsión directa de Harden a 13 segundos del final del tercer cuarto por golpear con su mano izquierda en la ingle a Royce O'Neale, quien lo estaba defendiendo en el perímetro.
Los Nets seguían en control del partido cuando Claxton vio una segunda falta técnica por encararse con Embiid tras una volcada y se fue expulsado a falta de nueve minutos cuando sumaba 18 puntos.
"Le dije a Nic que no quería que se colgara del aro ni hiciera ninguna otra cosa extra que pudiera llevarle a la expulsión. Pero esta es una oportunidad para él para crecer y está bien", justificó el técnico Vaughn.
Embiid, jugando con una visible cojera, dejó el protagonismo en ataque al explosivo Maxey, que se encargó de 10 puntos seguidos de los Sixers que les ponían de nuevo en ventaja a falta de 44 segundos.
Entonces apareció Embiid para taponer una entrada a canasta de Spencer Dinwiddie que sentenció el triunfo de los visitantes.
Philadelphia tendrá la oportunidad de clasificarse en el cuarto partido del sábado de nuevo en el Barclays Center de Brooklyn.
Todas las estadísticas del encuentro, disponibles en Flashscore.