El bicampeón del mundo español recorrió el circuito de Suzuka en un tiempo de 1:42.248 con su Alpine, más de tres décimas más rápido que su compatriota de Ferrari Carlos Sainz.
Verstappen tuvo que conformarse con la sexta plaza. El actual campeón del mundo puede revalidar el título el domingo si gana la carrera y marca la vuelta más rápida.
Su principal rival, el monegasco Charles Leclerc, de Ferrari, marcó el tercer tiempo en estos primeros entrenamientos.
La lluvia dominó la sesión en la que el alemán Mick Schumacher sufrió un accidente una vez ya había caído la bandera de cuadros y rompió el frontal de su coche.
El entreno fue decepcionante para los Mercedes: el siete veces campeón del mundo Lewis Hamilton quedó en 13ª posición y su compañero George Russell, en la 18ª.