"Podemos tener esperanzas, pero el podio está muy lejos", señaló Ogier (39), ocho veces campeón mundial, que sin embargo logró cuatro veces el mejor tiempo en las ocho especiales del día.
El piloto de Toyota sufrió los pinchazos en la segunda especial y en la octava y última.
Neuville finalizó primero con 5,7 segundos de ventaja sobre el británico Elfyn Evans (Toyota) y 30 con el estonio Ott Tänak (M-Sport/Ford).
"Elfyn empuja por detrás y mañana será también un gran día", dijo Neuville.
En la jornada del sábado se disputarán ocho especiales.
El Rally de Croacia se celebra con la memoria del piloto irlandés Craig Breen (Hyundai) muy presente, tras fallecer la semana pasada en un accidente mientras reconocía el recorrido de la carrera balcánica, en la que iba a participar.
-Clasificación del Rally de Croacia tras la primera jornada:
1. Thierry Neuville - Martijn Wydaeghe (BEL) Hyundai 1:16:02.4
2. Elfyn Evans/Scott Martin (GBR) Toyota a 5.7 segundos
3. Ott Tänak/Martin Jarveoja (EST) M-Sport/Ford 30 seg
4. Esapekka Lappi/Janne Ferm (FIN) Hyundai) 33.4 seg
5. Sébastien Ogier/Vincent Landais (FRA) Toyota 1 min 23.7