Pogacar (UAE) arrancó a unos seis kilómetros del final, en las duras rampas de subida a la meta, donde cruzó en solitario, con más de un minuto de ventaja sobre el español Mikel Landa (Soudal Quick-Step), segundo, y el ruso Aleksander Vlasov (Bora).
El esloveno arrebató el maillot de líder al australiano Nick Shultz (Israel-Premier Tech), que en la víspera se había impuesto al esprint en la primera etapa.
Shultz no pudo acabar entre los mejores este martes en un recorrido de montaña de 186,5 km entre Mataró y la estación de esquí de Vallter-2000, con 2000 metros de altitud y unas rampas medias del 7,5%.
Pogacar encabeza ahora la general con una cómoda ventaja de 1:35 sobre Landa y 1:38 sobre Vlasov, mientras el colombiano Egan Bernal es séptimo a 2:02 del líder.
La etapa se vio marcada por una larga escapada que llegó a tener más de seis minutos de ventaja, pero fue perdiendo corredores hasta que su último superviviente, el belga Jimmy Janssens tiró la toalla a ocho kilómetros de la meta.
Le tocó entonces el turno a Pogacar que saltó del pelotón en medio de la lluvia y el frío para iniciar una escapada que ninguno de sus rivales fue capaz de seguir.
"Las condiciones eran difíciles ya que empezó a llover desde la penúltima subida. También noté los efectos de la altitud, pero estoy feliz de haber ganado", dijo Pogacar en la meta.
El esloveno, con su victoria, da un gran golpe a la carrera catalana, que continuará el miércoles con su tercera etapa con otro duro trazado de montaña.
Los ciclistas recorrerán 176,7 km entre San Joan de Les Abadesses y el alto de Port Ainé, con un alto de primera categoría y dos de categoría especial, incluido en el que está situado la meta.
Clasificación de la segunda etapa de la Volta a Cataluña:
1. Tadej Pogacar (SLO/UAE) 4 h 52:38.
(media: 38,3 km/h)
2. Mikel Landa (ESP) a 1:23.
3. Aleksander Vlasov (RUS) 1:23.
4. João Almeida (POR) 1:38.
5. Lenny Martínez (FRA) 1:43.
6. Chris Harper (AUS) 1:44.
7. Egan Bernal (COL) 1:47.
8. Enric Mas (ESP) 1:49.
9. Wout Poels (NED) 2:03.
10. José Manuel Díaz (ESP) 2:03.
Clasificación general:
1. Tadej Pogacar (SLO/UAD) 9 h 03:57.
2. Mikel Landa (ESP/SOQ) a 1:35.
3. Aleksander Vlasov (RUS/BOH) 1:38.
4. João Almeida (POR/UAD) 1:56.
5. Lenny Martínez (FRA/GFC) 2:01.
6. Chris Harper (AUS/JAY) 2:02.
7. Egan Bernal (COL/IGD) 2:02.
8. Enric Mas (ESP/MOV) 2:07.
9. Sepp Kuss (USA/TJV) 2:21.
10. José Manuel Díaz (ESP/BBH) 2:21.