El británico, que también ganó el evento sobre dos ruedas en 2017, ahora no ha podido terminar el rally de resistencia seis veces de cada 10 salidas.
El piloto de GasGas, de 33 años, fue el décimo más rápido en el prólogo del sábado y el más rápido en el primer punto de control antes de caer en el kilómetro 52 de la especial de 368 kilómetros tierra adentro ya lo largo de las costas del Mar Rojo.
Sufriendo de dolor de espalda, fue trasladado en avión a Yanbu para recibir atención médica.
El estadounidense Ricky Brabec logró la novena victoria de etapa de su carrera para liderar la clasificación de motocicletas, mientras que a su compatriota Mason Klein se le negó una primera victoria luego de ser sancionado por exceso de velocidad.
El piloto de Honda, Brabec, estaba 19 segundos por delante del argentino Kevin Benavides en una KTM con el australiano Toby Price tercero.
En la categoría de autos, el español Carlos Sainz obtuvo la victoria de etapa número 42 de su carrera para liderar para Audi, 10 segundos por delante del nueve veces campeón mundial de rally de Francia, Sebastien Loeb, para el equipo Bahrain Raid Xtreme.
El piloto de Arabia Saudita Yazeed al Rajhi quedó en tercer lugar para Overdrive Racing.
Sainz dijo que lo había tomado con cautela después de sufrir un pinchazo temprano en el terreno pedregoso. Fue observado por su hijo y tocayo visitante, piloto de Fórmula Uno.
"Fue una buena etapa, una etapa clara para nosotros. Sin errores, sin pinchazos", dijo Loeb.
El sueco Mattias Ekstroem, que había sido el más rápido para Audi en el prólogo del sábado, lideró desde el primer punto de control pero terminó 33 segundos por debajo de Sainz con una penalización adicional de 15 minutos.
El actual campeón de Qatar, Nasser al Attiyah, fue sexto en la general para Toyota.
La 45ª edición del Dakar se lleva a cabo íntegramente en Arabia Saudita por cuarta vez y finaliza en Dammam, en la costa del Golfo, el 15 de enero.