Phillips fue utilizado durante solo 40 minutos como suplente en la final, ya que no había sido titular para el City desde que se mudó del Leeds United en la temporada cerrada debido a una lesión en el hombro.
El City, segundo clasificado, que regresa a la acción de la Premier League en Leeds el miércoles, volverá a estar sin Phillips, para gran frustración de su entrenador.
"No está lesionado, llegó (de regreso) con sobrepeso", dijo Guardiola. “No sé (por qué). No llegó en condiciones para hacer entrenamientos y jugar.
"Por eso no puede jugar. Cuando esté listo, jugará porque lo necesitamos, lo necesitamos mucho".
Cuando se le preguntó si estaba decepcionado de ver a Phillips regresar en tal condición, Guardiola agregó: "Es una conversación privada con Kalvin".
Los representantes de la FA y Phillips, ICM Stellar Sports, se negaron a comentar sobre los comentarios de Guardiola.
Buscando ganar un quinto título de liga en las últimas seis temporadas, el City reanuda la campaña detrás del Arsenal por cuatro puntos.
Volvieron a la senda del triunfo después del receso de la Copa del Mundo con una emocionante victoria por 3-2 en la Copa de la Liga sobre el Liverpool el jueves.