La mala dinámica que había cogido el equipo de la franja llevó a su directiva a tomar la decisión de destituir a Francisco, un técnico que no ha podido mantener el nivel ni el estilo de juego que impuso Andoni Iraola durante su etapa rayista.
Ahora, se pretende volver a esa idea del técnico vasco con la contratación de Íñigo Pérez, la mano derecha del propio Iraola tanto en el Rayo como en el Bournemouth, club que acaba de dejar para tomar las riendas en Vallecas.
Será su debut como primer entrenador. Curiosamente, su estreno en Primera división con el primer equipo del Athletic de Bilbao lo hizo también en Vallecas. Fue en octubre de 2009, en un encuentro de Copa del Rey.
Como jugador defendió también los colores del Huesca, Mallorca, Numancia y Osasuna, hasta que colgó las botas y se unió a Iraola como su ayudante.