La Federación Internacional de Esgrima (FIE) también comunicó que readmitía a Kharlan, permitiéndole participar en la competición por equipos de los campeonatos del Mundo de Milán.
Emmanuel Katsiadakis, presidente griego de la FIE, declaró que la decisión se había tomado "tras consultar con el Comité Olímpico Internacional".
Kharlan, la primera esgrimista que se enfrenta a un ruso o bielorruso desde la invasión de Ucrania por el primero, ganó el jueves por 15-7 a la rusa Anna Smirnova.
La cuatro veces medallista olímpica, de 32 años, rechazó después el apretón de manos de Smirnova, ofreciéndole en cambio su sable para chocar las espadas, pero las normas de la FIE establecen que las dos esgrimistas deben darse la mano.
Smirnova protagonizó una protesta de 45 minutos y se negó a abandonar la pista de competición.
Kharlan fue descalificada, afirmando después que Katsiadakis incluso le había asegurado que era "posible" no darse la mano y ofrecer en su lugar un toque de su sable tras su victoria.
"Pensé que tenía su palabra, para estar segura, pero al parecer, no", declaró Kharlan.
En respuesta a su descalificación, el Comité Olímpico Internacional pidió que se tratara con "sensibilidad" a los atletas ucranianos.
El viernes, el presidente del COI, Thomas Bach, antiguo esgrimista olímpico, envió a Kharlan una carta en la que le garantizaba una plaza en los Juegos Olímpicos de París del año que viene, independientemente de que obtuviera o no los puntos de clasificación.
"Como compañero esgrimista, me resulta imposible imaginar cómo te sientes en este momento", escribió Bach.
"Dada su situación única, el Comité Olímpico Internacional le asignará una plaza de cuota adicional para los Juegos Olímpicos de París 2024 en caso de que no pueda clasificarse en el periodo restante".
Bach añadió: "Tengan la seguridad de que el COI seguirá siendo plenamente solidario con los atletas ucranianos y la comunidad olímpica de Ucrania en estos momentos extremadamente difíciles."
Enfado ruso
La decisión de asignar a Kharlan una plaza en los Juegos Olímpicos provocará sin duda una airada reacción de Rusia.
A primera hora del viernes, el jefe del Comité Olímpico Ruso acusó al COI de tomar partido después de que instara a las federaciones deportivas a mostrar sensibilidad hacia los atletas ucranianos.
"La declaración en cuestión indica que el COI decidió por sí mismo y eligió un bando en el conflicto político, (y) comenzó a actuar en interés de este bando", dijo Stanislav Pozdnyakov en Telegram.
Según Pozdnyakov, estos comentarios "mostraron claramente la duplicidad de las llamadas recomendaciones, criterios y parámetros".
"Ahora se nos ha mostrado involuntaria pero claramente la actitud a la que se enfrentará absolutamente cualquier ruso en las competiciones internacionales".
Desde que Rusia lanzó su ofensiva en Ucrania, el COI impuso sanciones deportivas a Moscú y a su aliada Minsk, pero a principios de año recomendó que los atletas rusos y bielorrusos pudieran competir a título individual en las pruebas clasificatorias bajo una bandera neutral y sin himno.
La decisión provocó aullidos de protesta tanto del gobierno ucraniano como críticas de sus atletas por anteponer los derechos humanos de los deportistas rusos a los suyos.
El resultado fue que Ucrania prohibió a sus atletas competir en pruebas en las que estuvieran presentes rusos y bielorrusos, con la excepción del tenis, deporte en el que los jugadores compiten individualmente.
El COI aún no ha tomado una decisión sobre si rusos y bielorrusos pueden participar en los Juegos Olímpicos de París como competidores neutrales.
El Ministro de Deportes ucraniano, Vadym Gutzeit, celebró la decisión del COI de conceder a Kharlan una plaza olímpica.
En Facebook dijo: "A pesar de todo el odio que yo personalmente y mi equipo hemos experimentado en estas 24 horas, trabajando duro por los atletas ucranianos y no respondiendo a él, ya hemos conseguido el primer resultado".
"Estamos trabajando para retirar la tarjeta negra a Olga para futuras competiciones y prevenir situaciones similares en otros deportes".
Kharlan participa en los campeonatos del Mundo después de que el Ministerio de Deportes ucraniano cambiara su anterior política de prohibir a los atletas enfrentarse a competidores rusos o bielorrusos.