Neuville terminó por delante del británico Elfyn Evans (Toyota) y del piloto local Ott Tänak, también con Hyundai.
El Rally de Estonia se disputa sin el francés Sébastien Ogier, quien vuelve a competir con un calendario personalizado para Toyota esta temporada. El ocho veces campeón del mundo estará presente en Finlandia a finales de este mes.
A pesar de sus ausencias esporádicas, Ogier se sitúa segundo en el campeonato mundial, a tan solo nueve puntos del líder, Elfyn Evans.
Tänak está a 13 puntos del líder, mientras que Neuville, vigente campeón del mundo, está a 54 unidades.
El Rally de Estonia se disputará hasta el domingo y los participantes deberán completar siete especiales el viernes.
Clasificación del Rally de Estonia tras la primera especial, este jueves:
1. Thierry Neuville/Martijn Wydaeghe (BEL/Hyundai) 01:42.9
2. Elfyn Evans/Scott Martin (GBR/Toyota) +00.5
3. Ott Tänak/Martin Järveoja (EST/Hyundai) +00.6
4. Kalle Rovanperä/Jonne Halttunen (FIN/Toyota) +01.0