Wiebes, de 26 años, firmó su 106ª victoria profesional al término de los 122 km entre Vezza d'Oglio y Trente, por delante de la británica Josie Nelson y de su compañera belga Lotte Kopecky.
La etapa, que arrancó con el ascenso del "techo" de este Giro, el Passo del Tonale (1.883 m), estuvo marcada por una caída masiva debida a la calzada mojada a menos de tres kilómetros de la llegada, un incidente que redujo a ocho el número de candidatas a la victoria de etapa.
"Tuvimos mucho éxito al final, estábamos bien posicionadas antes de la gran caída. Yo también estuve a punto de caerme, pero me desenvolví bien", reconoció Lorena, que ganó este año la primera edición femenina de la Milán-San Remo.
La clasificación general se mantiene sin cambios: Henderson, que se cayó sin gravedad en el final de etapa, mantiene 13 segundos de ventaja sobre la suiza Marlen Reusser.
La cuarta etapa del miércoles podría agitar la general, con su trazado de 142 km entre Castello Tesino y Pianezze, con llegada en altura tras un ascenso final de 12 km.
Clasificación de la tercera etapa del Giro de Italia femenino
1. Lorena Wiebes (NED/SDW) los 122 km en 2 h 59 min 07 segundos
2. Josie Nelson (GBR/TPP) m.t.
3. Lotte Kopecky (BEL/SDW) m.t.
4. Elisa Longa Borghini (ITA/UAD) m.t.
5. Babette van der Wolf (NED/EFO) m.t.
6. Christina Schweinberger (AUT/FDC) m.t.
7. Barbara Guarischi (ITA/SDW) m.t.
8. Eleonora Camilla Gasparini (ITA/UAD) m.t.
9. Marianne Vos (NED/TVL) m.t.
10. Marthe Truyen (BEL/FDC) m.t.
Clasificación general (tras tres de ocho etapas)
1. Anna Henderson (GBR/LTK) 05:41:10.
2. Marlen Reusser (SUI/MOV) a 0:13.
3. Elisa Longo Borghini (ITA/UAD) 0:31.
4. Anna van der Breggen (NED/SDW) 0:35.
5. Monica Trinca Colonel (LIV) 0:56.
6. Shrin van Anrooij (NED/LTK) m.t.
7. Katrine Aalerud (NOR/UXM) 0:59.
8. Antonia Niedermaier (GER/CSZ) 1:03.
9. Juliette Labous (FRA/TFS) 1:06
10. Dilyxine Miermont (FRA/CTC) 1:10.