La estrella sueca, que tiene fijado su récord mundial en 6,31 metros, era el gran favorito a llevarse el trofeo del diamante.
Queda así frustrado el pulso previsible con el griego Emmanouil Karalis, que la semana pasada llegó a saltar 6,20 metros.
Cuando se anunciaron las listas de participantes de este viernes instantes antes de la competición en el estadio Rey Balduino, Duplantis aparecía con la mención "DNS" (Do Not Start).
"Tenía una molestia en una pierna, que esperaba superar, pero volvió en el calentamiento", precisó luego la Liga de Diamante.
La televisión le mostraba entonces abandonando el estadio durante el calentamiento.
"Es terrible. No es lo que uno quiere como atleta", dijo Duplantis.
"Siempre quieres competir. Me rompe el corazón. Odio esto con todas mis fuerzas", apuntó.
Duplantis se proclamó campeón de Europa a mediados de agosto en Birmingham.
A mitad de la temporada había tenido problemas en el muslo izquierdo, que le hicieron entonces declararse baja para la reunión de Londres, de mediados de julio.
La gran duda ahora es saber si podrá estar la próxima semana en la edición inaugural de una nueva gran competición de World Athletics, los Ultimate Championships de Budapest (11 al 13 de septiembre).